之前一直以为chomp函数只是去掉字符串末尾的\n, 但是今天写程序遇到一个bug,最后的原因就处在chomp上；

读取fasta文件,内容如下：

>1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT>2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT>3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

perl中$/代表默认的输入记录的分隔符；这里将$/设置为">":

#!/usr/bin/perl use warnings;use strict;my ($fasta) = @ARGV;open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";local $/ = ">";while (
     
      ) {    s/\n//g;    print qq{
   $_\n};}close $fasta;$/ = "\n";
     

 

运行这段代码，输出结果如下：

>1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT>2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT>3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

可以看出，$/的值出现在每行的最后；接下来使用chomp函数

#!/usr/bin/perl use warnings;use strict;my ($fasta) = @ARGV;open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";local $/ = ">";while (
     
      ) {    chomp;    s/\n//g;    print qq{
   $_\n};}close $fasta;$/ = "\n";
     

 

输出结果为:

1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT　　

第一行因为是空行，这里没显示出来；可以看到每行末尾的>符号被去除了，所以chomp的真正作用是去除字符串末尾的$/，只是因为默认情况下

$/为\n,造成chomp就是去除\n的假象；